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            德尔塔未平,拉姆达又起,看基因测序如何“火眼金睛”监控变异!
             
            传播速度快、传染性强、潜伏期短、病毒载量高、症状不典型、治疗时间长……近期,在全球多国流行的德尔塔变异毒株引起大家广泛关注。而今年7月份以来,我国多地出现由境外输入德尔塔变异病毒引发的本土聚集性疫情,给防控工作带来很大的挑战。
             
            如果关注疫情防控消息的话,不难发现各地在通报疫情防控最新情况时,还会公布疫情流调与溯源情况。流调(流行病学调查)是疫情防控中一项非常重要的工作,通过及时有序的流调,可以快速锁定传染源与密切接触者,阻止病毒的进一步扩散。但是想要回答病毒来自何方,与哪一种变异毒株同源性较高,则需要通过基因测序来解答
             
            高通量测序是新冠病毒溯源的重要技术手段
             
            《新型冠状病毒肺炎防控方案 (第八版)》文件中指出:对本土疫情中的首发或早期病例、与早期病例有流行病学关联的关键病例、感染来源不明的本土病例、境外输入病例、入境物品及相关环境阳性标本开展病毒基因序列测定和比对分析,动态了解病毒基因变异情况,及时发现感染来源。
             
            由于可以不依赖微生物培养,可以直接对临床样本中的核酸进行测序的特点,NGS(高通量测序)技术已经成为目前新冠病毒溯源的重要技术手段。整个基因测序溯源流程一般包括样本准备、文库构建、上机测序和生物信息学分析等步骤。通过检测新冠病毒的全基因组序列,并将这个序列与数据库中的数据进行比对,查看有无变异位点,进行同源性比较,判断病例的传染源。
             
            在8分钟电竞足球骗局之前推送的新闻《多国及时发现变异新冠病毒,基因测序功不可没!》中,详细介绍了高通量测序在新冠病毒研究的应用,感兴趣的小伙伴可以点击查看哦!
             
            高通量测序应用于病原监测的文献案例
             
            自新冠疫情爆发以来,新冠变异毒株层出不穷,“德尔塔”未平,病毒载量更高的 “拉姆达”又起!为了更好地了解这些变异毒株所带来的危险,科学家们一直在跟踪并监测病毒变异的频率和传播力度。
             
            英国牛津大学Tanya Golubchik等研究人员合作揭示宿主内SARS-CoV-2的多样性和传播力。相关研究结果于今年4月发表在Science期刊上,论文标题为“SARS-CoV-2 within-host diversity and transmission”。这项研究使用1313名英国新冠患者的鼻拭子样本进行RNA测序,以鉴定新冠病毒变体。其中,使用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian来制备转录组文库。
             
            研究人员发现,大多数新冠患者仅携带一种或两种新冠变异毒株,其中大部分变异毒株无法在传染给他人时存活下来,即大多数新冠病毒变异毒株很难通过二次传播而持续存在。
             
            进一步研究表明,传播增强型或免疫逃逸的变异毒株出现的概率非常低,但一旦成功传播,则可能会迅速传播。
             
            同时文章指出,由于逃逸突变在接种疫苗率高或具有高水平自然免疫的人群中的适应能力可能非常强,而且突变效应可能取决于它们的遗传背景,所以持续关注和监测是非常必要的。
             
            Takara提供的新冠病毒全基因组测序解决方案
             
            在使用鼻拭子、咽拭子、肺泡灌洗液等临床样本进行病毒NGS分析时,往往会遇到病毒含量少、样本背景复杂、建库过程PCR扩增不均一等问题,给正确分析病毒基因组信息造成困难。Takara提供的新冠病毒基因测序解决方案,以其快速、简便、高效的特点,希望助力打赢疫情攻坚战!
             
            SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian(Pico v2, Code No. 634411)
            · 250 pg-10 ng 的total RNA起始量,样本稀少也能高效建库!
            · 专为低质量样本设计,无需进行rRNA前处理操作
            · 随机引物起始,6小时内即可制备高质量文库!
            · 多篇涉及新冠病毒研究的文章中使用Pico v2进行文库构建,见参考文献1-3
             
            SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian(Pico v3, Code No. 634485)
            · 通过添加UMI,更加灵敏地识别PCR重复片段并校正测序错误!
            · 同样无惧RNA降解,能分析质量较差的RNA样本
            · 支持皮克级总RNA起始,快速高效的构建测序文库!
             
            【参考文献】
            1. Bergamaschi L, et al. Longitudinal analysis reveals that delayed bystander CD8+ T cell activation and early immune pathology distinguish severe COVID-19 from mild disease. Immunity. 2021;54(6):1257-1275.e8.
            2. Liu J, et al. The m6A methylome of SARS-CoV-2 in host cells. Cell Res. 2021;31(4):404-414.
            3. Perez-Bermejo JA, et al. SARS-CoV-2 infection of human iPSC-derived cardiac cells reflects cytopathic features in hearts of patients with COVID-19. Sci Transl Med. 2021;13(590):eabf7872.